橡胶草转录组SSR信息分析与标记开发

• 作者: 刘实忠 吴景 张继川 杨玉双 王学卓 甘霖 覃碧
• 来源期刊: 热带农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 橡胶草 转录组 SSR 种质鉴定
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 生物技术与品种资源
• 页码范围: 42-46
• 页数: 5页
• 分类号: Q756
• 字数: 2927字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12008/j.issn.1009-2196.2019.01.009

摘要

为了在总RNA水平上揭示橡胶草SSR分布规律和特性,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),对橡胶草6756条无冗余的EST分别进行SSR鉴定.结果共搜查到2761个1～6碱基SSR,出现频率最高的为单碱基重复基元类型,其次为三碱基重复基元类型与二碱基重复基元类型,分别为2139、338与219个,其出现频率分别为77.5％、12.2％与7.9％.AG/CT为二核苷酸中优势重复类型,占其总数的73.1％;而AAG/CTT与ACC/GGT则为三核苷酸中优势重复类型,二者分别占三核苷酸SSR总数的24.3％与23.7％.设计了20对SSR引物并验证了它们在蒲公英属3个高度近缘种共24个不同个体中的存在情况.结果表明,引物扩增率为100％,多态率为95％,能够在DNA水平上将橡胶草(与其他2个高度近缘种短喙蒲公英(及药用蒲公英(有效地区分开.由此表明,将所开发的SSR标记用于橡胶草种质鉴定、蒲公英属不同种间多态性检测和彼此区分是可行的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘实忠	中国热带农业科学院橡胶研究所	31	184	8.0	11.0
2	张继川	北京化工大学先进弹性体研究中心	12	56	5.0	7.0
3	覃碧	中国热带农业科学院橡胶研究所	14	33	4.0	5.0
4	甘霖	中国热带农业科学院橡胶研究所	10	25	3.0	4.0
5	杨玉双	中国热带农业科学院橡胶研究所	6	12	2.0	3.0
6	吴景	中国热带农业科学院橡胶研究所	1	1	1.0	1.0
7	王学卓		1	1	1.0	1.0