鼠源TTV病毒海口株的基因组分析及real-time PCR检测方法的建立

• 作者: 何昌华 吕刚 吴悦 周换换 尹飞飞 崔秀吉 彭箬岩 易玉芳 王文琪 王珊珊 王高玉 胡小媛 陈锦龙 马天明 黄艺
• 来源期刊: 海南医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: 鼠源Torque teno virus 基因组扩增测序 real-time PCR检测
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 241-246
• 页数: 6页
• 分类号: R511|R440
• 字数: 4892字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13210/j.cnki.jhmu.20190109.002

摘要

目的:对海南省海口市褐家鼠体内发现的鼠源torque teno virus(RoT TV)地方流行株RoT-TV3-HM U1进行全基因组扩增测序及遗传进化分析,并建立一种基于SYBR GreenⅠ 荧光染料检测RoT TV3病毒的real-time PCR检测方法 .方法:基于高通量宏病毒组测序分析结果设计特异性扩增引物,采用PCR方法进行全基因组序列拼接.并根据RoT TV3保守序列通过生物信息学分析设计特异性引物,以构建的含ddrp基因的重组质粒为标准品,优化实验条件,建立RoT TV的real-time PCR检测方法.结果:成功拼接获得一株海南省海口市褐家鼠携带的RoT TV的基因组序列,遗传进化分析表明该病毒属于RoT TV3基因型.本实验建立RoT TV3 real-time PCR检测方法,标准曲线在1×102～1×108拷贝/μL浓度时呈现良好线性关系,其扩增系数为1.000,溶解曲线只出现1特异性峰,检测灵敏度达到102个拷贝.结论:本实验首次获得海口地区RoT TV基因组序列,并对其进行遗传进化分析,对RoT TV的起源及进化研究具有重要的意义.本实验建立的RoT TV3 real-time PCR检测方法灵敏度高 、特异性好,为RoT TV3的流行病学调查奠定技术基础.