基于GWAS的乙肝相关肝癌关联lncRNA SNPs生物信息学分析

• 作者: 刘丽 刘晴 刘桂炎 周新凤 林志丰 谭健怡 郜艳晖 钟旋 黄宝莹
• 来源期刊: 现代预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 乙肝相关肝癌 GWAS SNPs lncRNA
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 流行病与统计方法
• 页码范围: 1176-1180
• 页数: 5页
• 分类号: R181.2+3
• 语种: 中文

摘要

目的 利用生物信息学方法挖掘乙肝相关肝癌相关的lncRNA SNPs,为肝癌生物标志物筛选及致病机制研究提供线索和方向.方法 通过SNAP工具获取GWAS识别的乙肝相关肝癌关联SNPs的易感区域.结合dbSNP和lncRNASNP等数据库匹配易感区域上的lncRNA SNPs,并采用rVarBase、HaploReg等数据库对SNPs进行功能注释.利用TCGA数据库的乙肝相关肝癌基因表达数据进行lncRNA的差异表达分析.结果 基于GWAS和生物信息学工具共挖掘9个具有潜在功能的lncRNA SNPs(lnc-RP11-150O12.3 rs1008547、rs11776545、rs2275959、rs2298320rs2298321和lnc-ACACA-1 rs7221955、rs9891142、rs9896574、rs9908998).功能注释结果表明所有SNPs均位于染色质交互区域或转录因子结合位点;肝组织的组蛋白修饰标识显示多数SNPs位于启动子区或增强子区,且为DNase超敏感位点,可破坏转录因子的结合基序;其中3个SNPs在HepG2细胞系中被发现影响蛋白质结合.此外,两个lncRNAs在乙肝相关肝癌患者癌组织中的表达均高于癌旁组织.结论 lnc-RP11-150O12.3和lnc-ACACA-1上的9个SNPs具有潜在生物学功能,在乙肝相关肝癌的发生和发展中可能发挥重要作用.