喜树碱关键酶基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 丁剑兰 刘晓宁 刘诗卉 王瑶瑶 郭亚鑫 韩卓
• 来源期刊: 现代农业科技
• 学科: 生物学
• 关键词: 喜树碱 异胡豆苷合成酶 RT-PCR 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 林业研究
• 页码范围: 92-93,97
• 页数: 3页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 2860字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-5739.2019.02.058

摘要

为了克隆喜树碱生物合成途径关键酶异胡豆苷合成酶的基因STR,本文对喜树幼叶进行RNA提取,利用RT-PCR克隆基因STR的CDS序列,利用在线软件ExPASy ProtParam、SignalP 4.1、TMHMM V.2.0、TargetP 1.1分析蛋白理化性质、蛋白信号肽、蛋白跨膜区以及亚细胞定位,利用在线工具Conserved Domain、SOPMA预测蛋白保守结构域和二级结构,利用MEGA 6.0软件构建蛋白系统进化树.结果表明,以喜树幼芽为材料,通过RT-PCR克隆喜树碱生物合成途径关键酶基因STR的CDS序列为993 bp;生物信息学分析表明,STR定位于分泌通道,为酸性蛋白,无信号肽,有1个跨膜区,由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲等二级结构组成;STR包含高度保守的结构域,聚类分析表明其与中果咖啡具有较高的相似性、较近的亲缘关系和遗传距离.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘晓宁	黄河科技学院医学院	13	21	3.0	4.0
2	王瑶瑶	黄河科技学院医学院	1	0	0.0	0.0
3	丁剑兰	黄河科技学院医学院	1	0	0.0	0.0
4	韩卓	黄河科技学院医学院	1	0	0.0	0.0
5	郭亚鑫	黄河科技学院医学院	1	0	0.0	0.0
6	刘诗卉	黄河科技学院医学院	1	0	0.0	0.0