狐源犬瘟热病毒HBF-1株全基因组序列测定及其分析

• 作者: 卜研 史宁 朱翔宇 胡博 薛向红 闫喜军
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 犬瘟热病毒 全基因组序列测定 序列分析
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 预防兽医学
• 页码范围: 510-516,540
• 页数: 8页
• 分类号: S852.65
• 语种: 中文
• DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2020.03.11

摘要

通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增.将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEASY-Blunt载体,筛选出阳性克隆子.经过反复测序后,对11个片段的序列进行拼接最终获得了HBF-1株全基因组序列.利用DNAstar和MEGA6.0软件,分析HBF-1株与其他已公布CDV序列遗传进化关系.结果 显示,适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1基因组全长为15 690 bp,与最初分离株Hebei株的同源性高达为99.8％,与国内黑龙江分离株HLJ-06的亲缘关系较近,同源性为98.5％,同经典疫苗株的亲缘关系相对较远,同源率为92.7％.HBF-1是分离株Hebei的Vero-dSlam细胞适应株,对二者基因编码区的序列比对,共出现13处氨基酸突变.其中,P蛋白突变率为0.39％,H蛋白突变率为0.33％,是2个变异率最高的结构蛋白.这些变异很有可能是病毒在适应Vero-dSlam细胞过程中形成的,但它们对HBF-1的致病性和毒力强弱是否存在影响,后续我们将深入研究.因此,开展细胞适应株HBF-1的全基因组序列测定及序列分析,对未来研究强毒株与Slam受体互作关系,及强毒株的致弱机制提供基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	闫喜军	中国农业科学院特产研究所	57	312	9.0	16.0
2	胡博	中国农业科学院特产研究所	18	32	3.0	5.0
3	卜研	中国农业科学院特产研究所	3	1	1.0	1.0
4	薛向红	中国农业科学院特产研究所	7	19	2.0	4.0
5	朱翔宇	中国农业科学院特产研究所	4	0	0.0	0.0
6	史宁	中国农业科学院特产研究所	7	3	1.0	1.0