猪PRKAA1基因相关LncRNAs的筛选及其在组织中的表达分析

• 作者: 倪锴 吴小敏 朱晓锋 许厚强 谌颖莲 赵佳福
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: PRKAA1(protein kinase,AMP activatedα1) LncRNA 差异表达 肉质性状 脂肪沉积
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 232-241
• 页数: 10页
• 分类号: S828.8+9
• 字数: 6217字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.02.005

摘要

PRKAA1(protein kinase,AMP activatedα1)在脂肪代谢、细胞增殖和脂肪形成等过程具有重要的调控作用.为探究PRKAA1基因相关长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,LncRNAs)的表达规律,本研究以贵州脂肪型猪种从江香猪(Sus scrofa)和商品型猪种约克夏(S.scrofa)为研究对象,根据猪PRKAA1 mRNA(GenBank No.XM_021076521)的3'UTR序列,利用NCBI和NONCODE(http://www.noncode.org/)对PRKAA1相关的LncRNAs进行筛选;对筛选的LncRNAs克隆并对序列二级结构、ORF、与PRKAA1作用的靶位点以及调控的miRNAs等进行预测;以qRT-PCR技术检测所筛选LncRNAs在从江香猪和约克夏各组织中的表达情况.选择NONSUST030689.1(命名为ALNC1)和NONSUST004358.1(命名为ALNC2)两条候选LncRNAs进行研究;克隆测序发现ALNC2对比原序列增加了46 bp;ALNC1具有4个ORFs,ALNC2具有5个ORFs;此外,ALNC1和ALNC2与PRKAA1作用的靶位点各1个;预测出能与LncRNA结合的miRNA(microRNA)主要有miR-1226-5p、miR-487b-5p、miR-7156-5p等;qRT-PCR检测结果显示,2条LncRNAs在从江香猪和约克夏各组织中均普遍表达,各组织间表达差异明显;ALNC1与ALNC2在从江香猪肝脏和脾脏中表达最高,背最长肌中最低;在约克夏大肠和肺脏中表达最高,背最长肌中表达最低;ALNC1在从江香猪肝脏、脾脏、小肠、脂肪和背最长肌的表达量极显著高于约克夏(P<0.01),心脏和大肠中表达量低于约克夏(P<0.01),在肺脏和肾脏中约克夏与从江香猪的表达差异不显著.ALNC2在肝脏、肾脏、背最长肌表达量极显著高于约克夏(P<0.01),心脏、肺脏、大肠、小肠中表达量极显著低于约克夏(P<0.01);脂肪中显著低于约克夏(P<0.05),脾脏中表达差异不显著.本研究结果可为深入探讨PRKAA1及相关LncRNAs在猪脂肪沉积中的调控作用提供基础资料.