基于RNA-seq技术的江鳕不同组织转录组比较分析

• 作者: 孟玮 杨天燕 蒋艳琳 韩志强
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 江鳕 基因注释 高通量测序 转录组
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 291-301
• 页数: 11页
• 分类号: S917.4
• 字数: 8591字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.02.011

摘要

江鳕(Lota lota)是鳕形目鱼类中唯一淡水性分布、且具有重要经济价值的冷水性种类,也是研究鱼类温度和盐度生态适应机制的重要材料.基于Illumina Hiseq-2500高通量测序平台对江鳕脑、肾脏和肝脏组织转录组进行测序,质量控制去除raw reads之后分别得到高质量clean reads 22254637、22843364和24168330条,总计20.78 Gb的clean data数据.通过Trinity组装得到106084条unigenes,平均长度为706 bp.采用生物信息学方法与相关数据库比对,得到32745个(30.87％)有功能注释信息的unigenes,其中基因本体数据库(Gene Ontology,GO)功能注释将unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56个分支;蛋白相邻类的聚簇数据库(Cluster of Orthologous Groups of Proteins,COG)功能注释包含了25个功能组分;KEGG代谢通路囊括6大类195小类.本研究通过对转录组测序数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用江鳕功能基因资源提供参考资料.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩志强	浙江海洋大学水产学院	38	141	7.0	10.0
2	蒋艳琳	浙江海洋大学水产学院	4	0	0.0	0.0
3	杨天燕	浙江海洋大学水产学院	13	7	2.0	2.0