大豆胞囊线虫病抗性相关AP2/EREBP转录因子生物信息学分析

• 作者: 卜凡珊 姜海鹏 田利峥 赵雪 韩英鹏
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆胞囊线虫 AP2/EREBP 转录因子 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1-8,73
• 页数: 9页
• 分类号: S565.1
• 字数: 4689字
• 语种: 中文

摘要

AP2/EREBP转录因子家族在植物应对逆境胁迫时发挥重要作用,为进一步了解大豆胞囊线虫病3号生理小种抗性相关AP2/EREBP家族转录因子生物学功能,研究利用"东农L-10"转录组测序结果,筛选得到14个与抗性相关AP2/EREBP转录因子序列,并对其开展在线生物信息学预测和分析.结果表明,14个转录因子多数为酸性等电点,均属于亲水性蛋白;通过与拟南芥AP2/EREBP转录因子作多序列比对和系谱进化树分析可知,AP2/EREBP转录因子根据其保守结构域特点分为AP2、ERF和DREB等3个亚族,且可分为B3、B5、A2和A5亚类.亚细胞定位预测结果显示AP2/EREBP转录因子发挥重要作用的位置依次为细胞核、线粒体、叶绿体;蛋白质二级结构中氨基酸序列以无规则卷曲为主要组成,α-螺旋次之,β-折叠和β-转角则散布于蛋白质序列中,同一亚族蛋白质三级结构之间无明显差异,而不同亚族之间差异显著,表明大豆胞囊线虫病相关AP2/EREBP转录因子在遗传进化过程中高度保守,其结构和功能可能具有相似性.