基于高通量测序的露地菊(Chysanthemum×grandiflora)盐胁迫转录组分析

• 作者: 刘彧 刘艳秋 周蕴薇 杨伊如 杨柳慧 王琳
• 来源期刊: 分子植物育种
• 关键词: 露地菊(Chysanthemum×grandiflora) 转录组测序 盐胁迫 基因注释 抗逆基因
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 甚因组学及功能基因
• 页码范围: 1419-1427
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13271/j.mpb.018.001419

摘要

为揭示露地菊生长发育及耐盐胁迫的应答机制和分子基础,本研究以盐胁迫处理的露地菊及其对照为材料,使用Illumina Hiseq2500高通量测序平台对转录组进行测序,分别获得了60 370 448和71 415 448条Clean reads,通过序列拼接组装得到45 591条Unigene,平均长度724 bp.有37 675条Unigene在七大数据库(COG,GO,KEGG,KOG,Pfam,Swiss-Prot,NR)中得到注释.通过比对露地菊盐胁迫处理组和对照组样品间Unigene的表达量及在各数据库中的注释情况,统计得到:有4 143条差异表达基因获得注释;有2 441条差异表达基因在GO数据库中获得功能注释;注释到COG数据库中的2 281条差异表达基因依据功能可分为25类;有1 062条差异基因映射到KEGG Pathway数据库中,涉及了199个代谢通路,包括核糖体途径、植物激素信号传导途径、淀粉蔗糖代谢、碳代谢、氨基酸的生物合成等.本研究获得的转录组数据将有助于揭示露地菊生长发育及耐盐胁迫的应答机制和分子基础,及相关抗性基因的挖掘和分子辅助育种等方面的研究.