利用生物信息学分析肝癌转移的代谢特征

• 作者: 李莉 杜文静 赵丹
• 来源期刊: 国际外科学杂志
• 关键词: 计算生物学 肝肿瘤 转移 代谢
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 338-341,封4
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn115396-20190603-00085

摘要

目的 利用生物信息学分析方法,筛选出原位肝癌和转移灶中的差异基因及其参与的代谢通路,寻找肝癌转移治疗新的代谢靶点.方法 从基因表达汇编数据库(GEO)中下载编号为GSE40367的肝癌原发和转移基因表达谱数据.筛选出差异基因后,对差异基因进行基因本体论(GO)功能富集和京都百科全书基因和基因组(KEGG)通路分析.利用STRING数据库和cytoscape软件分析差异基因间的蛋白相互作用.通过文献检索获得肝癌转移中代谢组的变化,对差异基因和代谢物用MetaboAnalyst 4.0进行联合分析.利用Kaplan-Meier生存曲线在线对关键基因进行生存分析.结果 从GSE40367中共筛选出564个差异基因,相比于原位肿瘤,转移癌中上调基因287个,下调基因277个.差异基因GO功能富集在一元羧酸代谢、脂肪酸代谢和脂质转运等过程.KEGG主要富集在胆汁分泌、ABC转运蛋白、半胱氨酸和甲硫氨酸代谢以及糖异生等通路.联合分析表明,主要相关代谢通路是烟酸和烟酰胺代谢、苯丙氨酸代谢、精氨酸生物合成和糖酵解或糖异生等.对关键基因的生存分析发现,CTH基因低表达可能与肝癌不良预后相关,PCKI、AOXI基因的高表达可能与肝癌不良预后相关.结论 利用生物信息学分析揭示了与肝癌转移相关的代谢通路及通路中基因和代谢物的变化,提示了肝癌转移发生的分子机制,为肝癌转移治疗提供了新的代谢靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李莉	中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室	53	261	7.0	15.0
2	赵丹	中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室	6	18	2.0	4.0
3	杜文静	中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室	2	1	1.0	1.0