基于TCGA数据库及转录组数据分析HDAC1基因在胃癌中的表达和临床意义

• 作者: 周建奖 张晓怡 李抄 王琴容 谢渊 赵艳 陈定宇 鲍丽雅
• 来源期刊: 贵州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 胃肿瘤 TCGA数据库 组蛋白去乙酰化酶1 转录组
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 专题研究1
• 页码范围: 132-137,150
• 页数: 7页
• 分类号: R73-31
• 字数: 3321字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19367/j.cnki.1000-2707.2020.02.002

摘要

目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库及转录组数据分析组蛋白去乙酰化酶1(HDAC1)在胃癌(GC)中的表达情况、探讨HDAC1与临床参数的关系,并预测其在肿瘤发生发展中的可能机制.方法:从TCGA数据库中下载GC组织(GC组,371例)和正常胃组织(正常组,36例)的RNASeq数据和临床信息,比较正常组与GC组HDAC1 mRNA的表达差异;将GC组分为HDAC1 mRNA高表达组(高于均值)271例和HDAC1 mRNA低表达组(低于均值)100例,分析GC患者HDAC1表达量与临床病理参数的相关性及其预后;利用LinkedOmics数据库分析与HDAC1表达相关的基因,Omicsbean-Canner预测HDAC1基因相关信号通路及功能富集.结果:GC组标本HDAC1基因平均表达量明显高于正常组(t=6.88,P<0.01);GC患者HDAC1基因表达与患者的年龄、T分期、AJCC分期及幽门螺杆菌(H.pylori)感染等病理参数呈正相关性(P<0.05),但与性别、N分期及M分期等病理参数无相关性(P>0.05);Kaplan-Meier分析结果表明,HDAC1基因表达与生存无相关性(P>0.05);GC组患者HADC1基因表达与AK2(adenylate kinase 2)、EIF3I(eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I,)及MARCKSL1(MARCKS like 1)等9118个基因表达量呈正相关,与GNAL(G protein subunit alpha L)、ARMCX2(armadillo repeat containing X-linked 2)及CCDC46(centrosomal protein 112)等10907个基因表达量呈负相关;HDAC1基因功能显著富集到细胞周期、notch信号通路及Transcriptional misregulation in cancer等.结论:HDAC1基因在GC样本中呈高表达,且HDAC1基因的表达与患者的年龄、T分期、AJCC分期及H.pylori感染等病理参数相关.