猪全基因组范围ETS基因家族成员的鉴定、进化与表达分析

• 作者: 丁坤 刘胜伟 周萌 张超鑫 朱秋思 杨里昂 王志鹏 王涛 郭媛媛 闫晓红
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪 ETS转录因子家族 系统发育树 表达谱 基因调控网络
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 58-69
• 页数: 12页
• 分类号: S828
• 字数: 5973字
• 语种: 中文

摘要

ETS转录因子家族在动物中广泛存在,参与细胞分化调控、细胞周期控制、细胞调亡等多个生物学过程.文章采用生物信息学方法系统分析猪ETS家族成员进化关系和调控图谱,结合RNA-Seq数据分析其组织表达规律.研究利用Pfam鉴定ETS保守结构域序列检索猪(Sus scrofa)蛋白序列,最终在猪基因组上鉴定得到23个ETS家族基因.分析ETS家族基因、蛋白一级结构和高级结构及亚细胞定位预测.基于最大似然法,构建ETS家族系统发育树发现,可分为11个子家族,子家族成员保守结构域、基因结构、理化性质相似.通过生信分析构建由ETS家族、靶基因和miRNA构成的基因调控网络,筛选出40个"ETS家族基因-miRNA-靶基因"前馈回路.转录表达谱提示ETS家族基因在成年公猪和母猪28种不同类型组织中均有表达,且ETS1基因在免疫组织(淋巴、脾脏)和外周血单核细胞中高表达,SPIC基因在免疫组织(淋巴、脾脏)高表达.研究结果为揭示ETS家族成员生物学功能奠定基础.