栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子使用偏性的比较分析

• 作者: 唐向民 孙祖东 曾维英 杨守臻 赖振光 陈怀珠 韦清源
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 农学
• 关键词: 栽培大豆 野生大豆 线粒体基因组 密码子使用偏性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传与育种
• 页码范围: 926-934
• 页数: 9页
• 分类号: S565.1
• 字数: 5125字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201911033

摘要

为分析栽培大豆和野生大豆线粒体基因组的密码子使用特征差异,该文以其线粒体基因组编码序列为研究对象,比较其密码子偏性形成的影响因素和演化过程.结果表明:(1)栽培大豆和野生大豆线粒体基因组编码区的GC含量分别为44.56％和44.58％,说明栽培大豆和野生大豆线粒体编码基因均富含A/T碱基.(2)栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子第1位、第2位GC含量平均值与第3位GC含量的相关性均呈极显著水平,说明突变在其密码子偏性形成中的作用不可忽略;PR2-plot分析显示,在同义密码子第3位碱基的使用频率上,嘌呤低于嘧啶;Nc-plot分析中Nc比值位于-0.1～0.2区间的基因数占总基因数的95％以上;突变和选择等多重因素共同作用影响了大豆线粒体基因组编码序列密码子使用偏性的形成.(3)有20、21个密码子分别被确定为栽培大豆和野生大豆线粒体基因组编码序列的最优密码子,其中除丝氨酸TCC密码子外均以A或T结尾.综上结果认为,栽培大豆线粒体密码子偏性的形成受选择的影响要高于野生大豆,这可能是栽培大豆由野生大豆经长期人工栽培驯化的结果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨守臻	广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所	3	5	1.0	2.0
2	陈怀珠	广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所	2	1	1.0	1.0
3	孙祖东	广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所	2	1	1.0	1.0
4	唐向民	广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所	2	1	1.0	1.0
5	赖振光	广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所	2	1	1.0	1.0
6	曾维英	广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所	6	18	3.0	4.0