食管鳞状细胞癌基因组芯片生物信息学分析及靶向药物预测

• 作者: 宋堃 李云 李倩 沈倩诚 高境泽
• 来源期刊: 上海交通大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 食管鳞状细胞癌 差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析 蛋白质相互作用网络 靶向药物预测
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 194-199
• 页数: 6页
• 分类号: R735.1
• 字数: 3096字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-8115.2020.02.008

摘要

目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据.方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析.对DEGs行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,获得最显著模块基因以及关键基因,并对关键基因磷酸化酶B激酶(phosphorylase B kinase,PBK)做靶向药物预测.结果 ·2个数据集共包含670条相同的DEGs,其中下调基因342条、上调基因328条.GO和KEGG富集分析结果显示,DEGs主要富集到细胞外结构的组织、细胞外基质的组织、p53信号通路、IL-17信号通路、细胞周期等通路.通过对PPI网络做密集度分析,共筛选出20条关键基因.其中,关键基因PBK与细胞周期相关,在2个数据集中表达量均有上调;通过变构位点探测和化合物库虚拟筛选,预测出了PBK的潜在药物Compound 1.结论·通过生物信息学的方法能够有效分析ESCC的关键基因.关键基因PBK的靶向药物预测结果可能为ESCC的靶向治疗提供一定的参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李倩	上海交通大学基础医学院医药生物信息学中心	40	276	9.0	15.0
2	沈倩诚	上海交通大学基础医学院医药生物信息学中心	3	0	0.0	0.0
3	李云	上海交通大学基础医学院医药生物信息学中心	6	23	3.0	4.0
4	高境泽	上海交通大学基础医学院医药生物信息学中心	2	6	1.0	2.0
5	宋堃	上海交通大学基础医学院医药生物信息学中心	2	0	0.0	0.0