牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析

• 作者: 涂冬萍 王柳萍 白隆华 翟勇进 莫长明 赵立春 黄志其
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 牛大力 转录组 淀粉酶基因家族 理化特性
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 药用植物研究与大健康 专刊
• 页码范围: 1288-1299
• 页数: 12页
• 分类号: Q949
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201909012

摘要

该文基于不膨大和膨大的牛大力根的转录组测序结果,采用生物信息学技术对筛选到的28个牛大力淀粉酶基因进行分析.结果 表明:28个牛大力淀粉酶相关蛋白基因编码的氨基酸序列分子量为20.78～349.39 KDa;均为酸性蛋白部分;部分亚细胞定位在叶绿体;具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family结构域;二级结构中除MsAm1、MsAm7、MsAm8、MsAm15、MsAm16、MsAm22、MsAm23、MsAm28中α螺旋占比最大外,无规则卷曲的比例最大;三级结构预测具有α淀粉酶结构、β淀粉酶结构、异淀粉酶结构等;淀粉酶基因家族共有86个作用元件,MsAm9的作用元件最多(42个);系统发育树表明MsAm15、MsAm16归于1类,且均具有motif 2、motif 3、motif 7,MsAm4、MsAm24、MsAm26归于1类,与拟南芥淀粉酶进行比对,AtBM4和MsAm6归为一类,AtAM2和MsAm2归为一类,AtBM8和MsAm5归为一类,AtBM4和MsAm6归为一类,AtAM10和MsAm22归为一类,AtIM3和MsAm17归为一类.这些分析结果可为今后深入研究28个牛大力淀粉酶的生物学功能和调控机制提供一定的理论依据,为牛大力根部膨大的研究及品种的改良提供参考.