基于加权基因共表达网络分析挖掘舌鳞状细胞癌的关键基因

• 作者: 包阳 张冠华 张影 张素欣 李天客 陈中
• 来源期刊: 口腔医学研究
• 关键词: WGCNA 舌鳞状细胞癌 发病机制 hub基因
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 口腔肿瘤学研究
• 页码范围: 423-427
• 页数: 5页
• 字数: 2716字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13701/j.cnki.kqyxyj.2020.05.006

摘要

目的:舌鳞状细胞癌(TSCC)是头颈部最常见的恶性肿瘤之一,其分子机制尚不清楚.挖掘与舌鳞状细胞癌(TSCC)密切相关的hub基因,为揭示TSCC发病机制提供理论依据.方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE34105数据,通过WGCNA筛选关键模块,Cytoscape计算模块网络中节点的拓扑参数筛选hub基因,生存分析用于hub基因的外部验证,通过GO和KEGG富集分析和GSEA分析获取hub基因参与的生物过程.结果:获得与TSCC最密切相关的turquoise模块(Cor=0.88,P<0.05).cytoscape筛选获得2个hub基因分别为CAP1和TMBIM6,是预后的不良因素,它们的高表达与患者生存期缩短显著相关(P<0.05).GSEA分析它们高表达组主要参与了半胱氨酸和蛋氨酸代谢、霍乱弧菌感染、氧化磷酸化、DNA复制、基底切除修复、细胞减数分裂、蛋白质生成、果糖和甘露糖代谢、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导.结论:本研究通过构建基因共表达网络筛选出2个hub基因,可能成为潜在的TSCC基因基因生物标志物,影响TSCC的发生及预后.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈中	河北医科大学第四医院口腔科	20	74	6.0	8.0
2	张素欣	河北医科大学第四医院口腔科	22	75	5.0	8.0
3	李天客	河北医科大学第四医院口腔科	15	54	4.0	7.0
4	包阳	河北医科大学第四医院口腔科	9	25	3.0	5.0
5	张冠华	河北医科大学第四医院口腔科	4	0	0.0	0.0
6	张影	河北省石家庄市第三医院口腔科	1	0	0.0	0.0