栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及时空表达模式分析

• 作者: 于洪伟 刘盼盼 刘福云 包振民 李语丽 王师
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 栉孔扇贝 LTR逆转录转座子 分布特征 时空表达模式
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 47-54
• 页数: 8页
• 分类号: Q527
• 语种: 中文
• DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20190384

摘要

长末端重复序列(LTR)逆转录转座子在真核生物中是普遍存在的,通过“复制-黏贴”的方式插入到基因组的其它位置,影响基因的活性及基因组的结构.DNA测序技术的快速发展为分子生物学研究提供了大量的组学资源,也为全基因组水平逆转录转座子的系统分析提供了数据支持.本研究基于已发表的栉孔扇贝(Chlamysfarreri)基因组信息,系统分析了栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及在胚胎发育各个时期和成体各个组织的表达模式.研究发现栉孔扇贝LTR总长度与染色体长度呈正相关关系,而LTR密度(每Mb染色体上的LTR拷贝数)与染色体长度呈负相关关系;Gypsy、Ngaro和DIRS是栉孔扇贝基因组中数量最多、总长度最长的三类LTR亚家族,且主要分布在基因间区;相比于其它种类的LTR,Gypsy和Ngaro在胚胎发育各个时期和各个成体组织/器官中具有显著的表达优势,而且在胚胎发育过程中呈现动态表达模式,其中表达量的峰值和低谷分别出现在担轮幼虫时期和壳顶幼虫时期;Gypsy和Ngaro在大部分组织/器官中占据表达优势,唯一例外的组织是肝胰腺,其表达量最高的LTR类型为ERV1.本研究对栉孔扇贝逆转录转座子基因组分布特征及时空表达模式的系统分析为进一步理解转座子的功能以及对基因组进化的作用提供了重要线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	包振民		63	1149	20.0	32.0
2	刘盼盼		1	0	0.0	0.0
3	李语丽		1	0	0.0	0.0
4	刘福云		1	0	0.0	0.0
5	于洪伟		1	0	0.0	0.0
6	王师		6	82	4.0	6.0