基于GEO芯片数据的肝癌关键生物标志物的筛选与鉴定及生物信息学分析

• 作者: 吴爽 张涛元 张鑫浩 曹三成 李俏 祝撷英
• 来源期刊: 现代检验医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肝癌 差异表达基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 26-31
• 页数: 6页
• 分类号: R735.7|R730.43
• 字数: 3125字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7414.2020.04.007

摘要

目的 基于生物信息学分析方法,获取与正常肝组织具有表达差异、且与肝癌患者生存、病理参数密切相关的肝癌基因.方法 通过GEO数据库获取三组肝癌芯片表达谱,利用GEO2R鉴定肝癌组织与正常肝组织具有表达差异的基因;应用DAVID数据库,富集差异表达基因;使用STRING数据库及Scytoscape软件,构建核心差异基因的蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI),并通过UCSC Cancer Genomics Browser网站在TCGA数据库中验证关键差异基因在肝癌中的表达情况;基于Kaplan Meier-Plotter及UALCAN在线分析工具,挖掘关键基因在肝癌组织中的mRNA表达与临床病理参数的关系.结果 从三个芯片数据集中鉴定出74个共同差异表达基因;这些基因显著富集在细胞外小体、细胞外间隙、氧化还原等生物过程;PPI网络分析共聚焦到15个基因,其中8个基因与肝癌患者的总生存率相关,5个基因与肝癌的分级、分期相关.结论 ANLN,ECT2,HMMR,KIF20A,NCAPG,PBK,RACGAP1和ZWINT等基因可作为肝癌诊断和治疗的候选靶点,为临床诊治提供新的思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴爽		4	21	2.0	4.0
2	张涛元		2	1	1.0	1.0
3	张鑫浩		1	0	0.0	0.0
4	李俏		2	0	0.0	0.0
5	祝撷英		1	0	0.0	0.0
6	曹三成		2	0	0.0	0.0