基于TCGA和LASSO回归的胃癌预后lncRNA预测模型构建

• 作者: 刘辉 史旋 常紫薇 张秋萌 张超 景丽伟 李兴雨
• 来源期刊: 临床肿瘤学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胃癌 长非编码RNA 癌症基因组图谱 最小化绝对收缩和选择算子 预后 预测模型
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 823-829
• 页数: 7页
• 分类号: R735.2
• 语种: 中文

摘要

目的 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选胃癌预后相关关键长链非编码RNA(lncRNA)并构建预测模型,为判断胃癌患者预后情况提供参考依据.方法 下载TCGA数据库中407例胃癌组织样本的RNA-Seq数据和443例胃腺癌患者临床及预后资料,对胃癌组织与癌旁组织差异表达lncRNA进行分析,采用Cox比例风险回归模型及最小化绝对收缩和选择算子(LASSO)回归算法构建预测模型并对模型预测的有效性进行验证.采用多因素Cox回归模型分析该预测模型是否为胃癌独立的预后因素.结果 纳入的368例胃癌样本中筛选出382个差异表达lncRNA.基于Cox&LASSO回归算法,构建和验证了25-lncRNA标志物模型;在训练集与验证集中,该模型的曲线下面积分别为0.719和0.672,且高风险组患者的总生存期(OS)明显低于低风险组患者(P<0.05).多因素Cox回归分析显示,25-lncRNA标志物模型在322例具有完整临床及预后资料的病例中是影响OS的独立因素(HR=2.614,P=5.64E-07).结论 本研究确定了一个25-lncRNA标志物的风险评分模型,可作为独立预后因素对胃癌患者预后进行预测.