红藻rbcL基因密码子偏爱性分析

• 作者: 姚慧鹏 李国灵 陶文 靳燕 高诗晨
• 来源期刊: 分子植物育种
• 关键词: 红藻(Rhodophyta) rbcL基因 GC 密码子偏爱性
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 基因组学及功能基因
• 页码范围: 109-117
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13271/j.mpb.018.000109

摘要

红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源.为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红藻rbcL基因三个位置的GC碱基含量、ENC值和RSCU值.结果 显示,红藻rbcL基因AT碱基含量高于GC碱基,ENC值为41.89,说明红藻rbcL基因密码子偏爱于A/T碱基结尾.ENC绘图分析,PP2-plot分析和中性绘图分析表明自然选择是影响rbcL基因密码子偏爱性的主要因素.通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较,发现红藻rbcL基因和它们均有较大的差异性.最后筛选得到了UUU、UUA、AUU等18个最优密码子,均偏向于以A/U碱基结尾.研究结果对红藻资源的开发利用和rbcL基因的表达研究具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	姚慧鹏		11	4	1.0	2.0
2	李国灵		1	0	0.0	0.0
3	陶文		1	0	0.0	0.0
4	高诗晨		1	0	0.0	0.0
5	靳燕		2	0	0.0	0.0