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基于生物信息学分析TK1在HCC中的表达及其临床意义
基于生物信息学分析TK1在HCC中的表达及其临床意义
作者:
何佳
李文科
邓鑫
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
肝细胞癌
胸苷激酶1
数据库
生物信息学
摘要:
目的 基于肿瘤数据库,挖掘分析胸苷激酶1(TK1)基因在肝细胞癌(HCC)表达情况,并结合生物信息学方法,探讨TK1参与HCC的潜在机制.方法 GEPIA分析HCC基因芯片数据中TK1及核心基因mRNA表达.利用Kaplan-Meier plotter分析HCC组织中TK1及核心基因mRNA表达与患者预后的关系.利用LinkedOmics和cBioPortal分析并获得HCC中与TK1相关的共表达基因集.利用WebGestalt对基因集作GO和KEGG通路富集分析.利用String数据库构建基因集蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape筛选PPI中的核心基因.结果 TK1 mRNA在HCC组织表达显著高于癌旁组织(P<0.01),TK1高表达可显著降低患者总生存时间(P<0.01).LinkedOmics和cBioPortal分析各得到TK1共表达基因248个和245个,利用VENNY2.1获得交集基因212个.GO分析显示,生物学过程方面TK1共表达基因主要与细胞周期、DNA修复、DNA代谢等相关,细胞组成方面主要与染色体凝缩等相关,分子功能方面主要与DNA的催化活性、核苷-三磷酸酶活性等相关.KEGG通路分析显示,TK1共表达基因主要参与DNA复制、细胞周期、错配修复、同源重组、P53信号途径、细胞衰老等过程.PPI分析显示,CDK1等10个基因是TK1共表达相关核心基因,经验证核心基因均在HCC中高表达,并且高表达核心基因的患者生存时间显著下降.结论 生物信息学分析可获得TK1在HCC中表达情况,为探索TK1参与肝细胞癌的机制提供数据支持.
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文献信息
篇名
基于生物信息学分析TK1在HCC中的表达及其临床意义
来源期刊
西南国防医药
学科
医学
关键词
肝细胞癌
胸苷激酶1
数据库
生物信息学
年,卷(期)
2020,(4)
所属期刊栏目
论著
研究方向
页码范围
285-289
页数
5页
分类号
R735.7
字数
2625字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1004-0188.2020.04.001
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
邓鑫
西南医科大学药物研究中心
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李文科
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何佳
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研究主题发展历程
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肝细胞癌
胸苷激酶1
数据库
生物信息学
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
西南国防医药
主办单位:
成都军区医学科学技术委员会
出版周期:
月刊
ISSN:
1004-0188
CN:
51-1361/R
开本:
大16开
出版地:
成都市锦江区天仙桥北路12号
邮发代号:
创刊时间:
1991
语种:
chi
出版文献量(篇)
12121
总下载数(次)
9
总被引数(次)
35610
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