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摘要:
目的 基于肿瘤数据库,挖掘分析胸苷激酶1(TK1)基因在肝细胞癌(HCC)表达情况,并结合生物信息学方法,探讨TK1参与HCC的潜在机制.方法 GEPIA分析HCC基因芯片数据中TK1及核心基因mRNA表达.利用Kaplan-Meier plotter分析HCC组织中TK1及核心基因mRNA表达与患者预后的关系.利用LinkedOmics和cBioPortal分析并获得HCC中与TK1相关的共表达基因集.利用WebGestalt对基因集作GO和KEGG通路富集分析.利用String数据库构建基因集蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape筛选PPI中的核心基因.结果 TK1 mRNA在HCC组织表达显著高于癌旁组织(P<0.01),TK1高表达可显著降低患者总生存时间(P<0.01).LinkedOmics和cBioPortal分析各得到TK1共表达基因248个和245个,利用VENNY2.1获得交集基因212个.GO分析显示,生物学过程方面TK1共表达基因主要与细胞周期、DNA修复、DNA代谢等相关,细胞组成方面主要与染色体凝缩等相关,分子功能方面主要与DNA的催化活性、核苷-三磷酸酶活性等相关.KEGG通路分析显示,TK1共表达基因主要参与DNA复制、细胞周期、错配修复、同源重组、P53信号途径、细胞衰老等过程.PPI分析显示,CDK1等10个基因是TK1共表达相关核心基因,经验证核心基因均在HCC中高表达,并且高表达核心基因的患者生存时间显著下降.结论 生物信息学分析可获得TK1在HCC中表达情况,为探索TK1参与肝细胞癌的机制提供数据支持.
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文献信息
篇名 基于生物信息学分析TK1在HCC中的表达及其临床意义
来源期刊 西南国防医药 学科 医学
关键词 肝细胞癌 胸苷激酶1 数据库 生物信息学
年,卷(期) 2020,(4) 所属期刊栏目 论著
研究方向 页码范围 285-289
页数 5页 分类号 R735.7
字数 2625字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.1004-0188.2020.04.001
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 邓鑫 西南医科大学药物研究中心 4 0 0.0 0.0
2 李文科 4 4 1.0 2.0
3 何佳 9 11 2.0 3.0
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研究主题发展历程
节点文献
肝细胞癌
胸苷激酶1
数据库
生物信息学
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
西南国防医药
月刊
1004-0188
51-1361/R
大16开
成都市锦江区天仙桥北路12号
1991
chi
出版文献量(篇)
12121
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9
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35610
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