毛竹PP2C基因家族鉴定与表达分析

• 作者: 侯丹 林新春 胡秋涛 赵钟毓 魏涵天
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 毛竹 PP2C(2C type protein phosphatase)基因家族 鉴定 表达分析 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1776-1787
• 页数: 12页
• 分类号: S795.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.10.006

摘要

PP2C(2C type protein phosphatase)是一类广泛存在于生物体中、具有重要调控作用的蛋白磷酸酶,在植物抵抗逆境胁迫及激素响应等过程中具有重要作用,而在毛竹(Phyllostachys edulis)中的研究尚未充分开展.本研究以毛竹为材料,利用生物信息学方法,从毛竹全基因组中鉴定出125个具有完整PP2C保守结构域的基因,这些基因编码蛋白长度为110～1086 aa,分子量为12.07～121.02 kD;系统进化分析表明,125个毛竹PP2C基因共可分为9个亚家族,其中4个基因(PH02Gene36278.t1,PH02Gene48541.t1,PH02Gene37946.t1,PH02Gene29918.t1)未被分入任何亚家族,而是单独形成分枝;基于转录组数据的组织特异性分析显示,121个PP2C基因在毛竹不同组织及不同发育阶段中都有不同程度的表达,多数PP2C基因在毛竹笋的不同发育阶段呈现较高的表达,也有部分PP2C基因在根与叶片等部位具有较高的表达;qRT-PCR结果显示,毛竹经过脱落酸处理后有9个PP2C基因上调表达、1个下调表达;在盐和茉莉酸甲酯处理后,各有6个基因上调表达、5个下调表达,说明PP2C基因在参与毛竹非生物胁迫及不同激素调控通路时可能发挥不同的作用.本研究可为毛竹PP2C基因家族功能的进一步研究提供参考依据.