鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB靶基因筛选和验证分析

• 作者: 杨琦 杨阳 段世宇 潘永
• 来源期刊: 中国预防兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鼠伤寒沙门菌 小RNA 同源重组 荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 病原生物学
• 页码范围: 753-759
• 页数: 7页
• 分类号: S852.61
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1008-0589.202003014

摘要

为筛选鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB的靶基因,本研究利用TargetRNA2程序分别预测鼠伤寒沙门菌中能与GcvB R1、R2和R3功能基序完全或部分碱基互补的靶基因,结果显示,分别预测到与GcvB R1、R2和R3功能基序具有强相互作用的靶基因共16个,所有基因均能产生与匹配功能基序至少7个连续碱基互补配对(p＜0.05).进一步基于同源重组技术分别构建敲除R1、R2和R3功能基序的鼠伤寒沙门菌gcvB△R1、gcvB△R2和gcvB△R3菌株,并通过荧光定量PCR检测经预测靶基因在其匹配的功能基序敲除菌株、gcvB基因敲除菌株以及野生型菌株中转录水平的变化.结果 显示,鼠伤寒沙门菌gcvB△R1、gcvB△R2和gcvB△R3菌株分别被敲除了功能基序R1、R2和R3,且未留下冗余序列;STM1856、metF、mltC和sbp基因在gcvB基因或gcvB R1基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％;ybbP和speG基因在gcvB基因或gcvB R2基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％;ampH、gshA和aroF基因在gcvB基因或gcvB R3基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％.以上结果表明,16个预测靶基因中,STM 1856、metF、mltC、sbp、ybbP、speG、ampH、gshA和aroF基因在转录水平上受小RNA GcvB的正调控,其对STM1856、metF、mltC和sbp基因的调控与GcvB R1功能基序存在显著关联(p＜0.05);其对ybbP和speG基因的调控与GcvB R2功能基序存在显著关联(p＜0.05);其对ampH、gshA和aroF基因的调控与GcvB R3功能基序存在显著关联(p＜0.05).本研究为进一步探究小RNA GcvB在鼠伤寒沙门菌中的调控机制提供了参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨琦		14	32	3.0	5.0
2	杨阳		18	23	3.0	4.0
3	潘永		4	0	0.0	0.0
4	段世宇		1	0	0.0	0.0