空心莲子草MTP基因家族的鉴定、特征及表达分析

• 作者: 夏雨晨 尹军良 朱永兴 杨杰 杨蕾 蒋昕晨 陈中义 马东方
• 来源期刊: 草业科学
• 关键词: 生物信息学分析 重金属 CDF家族 锌转运蛋白
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 页码范围: 1516-1527
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11829/j.issn.1001-0629.2020-0061

摘要

金属耐受蛋白(MTP)是阳离子转运蛋白家族(cation transporter family，CDF)的重要成员，在植物重金属转运及解毒中发挥关键作用。为系统鉴定和分析空心莲子草MTP基因家族(ApMTP)，本研究以模式物种MTP序列作为种子序列，BLASTP比对空心莲子草氨基酸序列数据库，成功鉴定到40个ApMTP候选，随后对它们进行了系统发育、保守结构域、基因结构等生物信息学分析。结果表明：鉴定到的40个ApMTP中，大部分成员含有2～6个跨膜结构域(transmembrane domain，TMD)；系统发育分析将40个ApMTP分为Fe/Zn-CDF(7)、Mn-CDF(20)和Zn-CDF(13) 3个亚家族；在Zn-CDF和Zn/Fe-CDF亚家族ApMTP的TMD-II和TMD-V上或附近识别到保守基序HXXXD，在Mn-CDFs亚家族的TMD-II和TMD-V上识别到保守基序DXXXD。表达模式分析发现，ApMTP具有组织特异性表达和响应根部低钾等不同处理的特征。