牛卵泡发育相关下调基因的筛选

• 作者: 孟金柱 安清明 武渊勋 赵园园 赵成刚
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牛 卵泡发育 下调基因 深度测序
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 1825-1831
• 页数: 7页
• 分类号: S823
• 语种: 中文
• DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2020.09.24

摘要

为寻找牛卵泡颗粒细胞(GCs)凋亡的关键调控因子,阐明单胎动物卵泡闭锁调控机理,本研究对奶牛优势卵泡与从属卵泡GCs深度测序,筛选卵泡发育相关的下调基因.选取健康荷斯坦奶牛,屠宰后,分别采集卵巢上正常发育的最大卵泡(8～10 mm)与第二大卵泡(5～8mm),并结合雌激素/孕激素确定卵泡优势与否,优势卵泡(DF) :E2/P＞1;从属卵泡(SF)EJP＜1.分别刮取GCs,提取总RNA并建库,Ulumina测序,将获得序列与牛Refseq数据库比对后,利用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对其中表达下调的基因进行GO和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证.测序共获得32 346个基因,其中194个在DF中表达显著上调,502个表达下调;GO分析结果显示,这些下调基因的生物学功能共分为3大类104组,其中生物学过程相关基因占61.5％,细胞组分有关基因占25.0％,分子功能相关基因占13.5％;KEGG信号通路分析,共发现5条通路,其中基因富集最为显著的是癌症通路;从下调基因中筛选出4个在牛卵泡发育过程中可能会起抑制作用的基因,QRT-pCR结果显示,PPP1R14A、QRFPR和EGR1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果一致,OLA1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果正好相反,但差异不显著.本研究筛选出的4个表达下调基因可能是牛卵泡发育过程中抑制卵泡发育的候选基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵园园		21	6	2.0	2.0
2	赵成刚		17	24	3.0	4.0
3	安清明		17	3	1.0	1.0
4	武渊勋		1	0	0.0	0.0
5	孟金柱		29	16	3.0	3.0