基于生物信息大数据及分子对接预测茵陈抗肝癌机制

• 作者: 赵艺蔓 丁明健 邱汉波 周尧红 黄意婷 陈莹 唐友明 郑景辉 侯恩存
• 来源期刊: 中医学报
• 学科: 医学
• 关键词: 茵陈 原发性肝癌 生物大数据 网络药理学 分子对接 信号通路
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 方药研究
• 页码范围: 2641-2646
• 页数: 6页
• 分类号: R284.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16368/j.issn.1674-8999.2020.12.582

摘要

目的:基于生物大数据、网络药理学及分子对接虚拟预测的方法,探讨中药茵陈对于原发性肝癌的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、DrugBank数据库对茵陈所含化学成分进行筛选并预测其作用靶点,通过GeneCards数据库、CTD数据库获得原发性肝癌的相关靶点.利用DrawVenDiagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.6构建出蛋白互作图.通过DAVID分析工具采集到的靶点蛋白从生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组分(cellular component,CC)三方面进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析.结果:从TCMSP、DrugBank数据库筛选出茵陈的13种化学成分,其中预测到166个靶点,通过CTD、GeneCards数据库预测到200个与原发性肝癌相关的靶点,韦恩图显示40个潜在靶标;PPI网络靶点蛋白有20条GO功能富集和4条主要的KEGG通路富集,并对相关靶点进行Docking验证.结论:茵陈大概通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录DNA模板、RNA聚合酶II启动子转录的负调控、转录的正调控等生物过程,并涉及转录因子活性、序列特异性DNA结合蛋白、DNA结合、染色质结合等分子功能发挥治疗原发性肝癌的作用.其作用机制可能与癌症蛋白聚糖信号通路、HTLV-1信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等有关.