甘薯基因组 TCP转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

• 作者: 毕楚韵 黄小芳 王和寿 陈其俊 胡韵卓 黄碧芳 许明 杨志坚 陈选阳 林世强
• 来源期刊: 植物科学学报
• 关键词: 甘薯 TCP 转录因子 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传与育种|Genetics and Breeding
• 页码范围: 163-171
• 页数: 9页
• 分类号: Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11913/PSJ.2095-0837.2021.20163

摘要

基于甘薯( Ipomoea batatas ( L.) Lam.)全基因组序列, 利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP( teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子, 并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异.结果显示, 甘薯基因组中共有27 个 TCP转录因子, 其中Class Ⅰ13个、 Class Ⅱ( CIN) 8个、 Class Ⅱ( CYC/TB1) 6个.甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上, 其中6对基因存在潜在复制关系.甘薯Class Ⅱ( CYC/TB1)转录因子含有R结构域, 其氨基酸序列较为保守.在TCP家族中共发现10个保守基序( motif) , 基序的氨基酸序列长度为15～60个, 其中motif 1含有TCP结构域, motif 3含有R结构域, TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异.逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明, TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因.