云南省3株柯萨奇病毒A组10型分离株全基因组序列分析

• 作者: 许丹菡 张名 冯昌增 丛山日 黄小琴 孙浩 杨昭庆 马绍辉
• 来源期刊: 中国病毒病杂志
• 关键词: 柯萨奇病毒A组10型 全基因组 进化分析 手足口病 病原学
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Articles
• 页码范围: 101-106
• 页数: 6页
• 分类号: R373.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16505/j.2095-0136.2020.0088

摘要

目的 分析手足口病相关的柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)云南省分离株的基因组特征.方法 对云南省2009年和2015年3例手足口病患儿临床样本中分离到的3株CV-A10分离株A103/YN/CHN/2015、A72/YN/CHN/2015和R09191/YN/CH N/2009(简称A103、A72和R09191)进行全基因组序列测定,与GenBank中CV-A10代表毒株进行序列比对,使用MEGA 7.0软件进行系统进化分析,应用Simplot3.5.1软件进行重组分析.结果 云南省3株CV-A10分离株(A103、A72和R09191)的基因组全长分别为7 417 nt、7 414 nt和7 416 nt,全基因组核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为95.6％～99.5％和97.5％～99.0％.3株CV-A10分离株与原型株Kowalik的全基因组核苷酸一致性为79.7％～79.8％,氨基酸同源性为94.7％～95.3％;与国内CV-A10代表株的全基因组核苷酸一致性为93.2％～ 99.9％,氨基酸同源性为94, 9％％～ 99.7％.进化分析发现,3株CV-A10分离株与近年来中国大陆CV-A10流行株同属F基因型,A103株和R09191株在进化树上位于同一分支,A72株位于另一分支.A72株在VP4、VP2、VP1、2B、2C、3A、3B、3C、3D段与厦门分离株相似性最高,核苷酸一致性为96.82％～100.00％.而A103株和R09191株在VP4、VP2、VP3、VP1、2B、3C、3D、3'UTR段与山东分离株相似性最高,核苷酸一致性为94.37％～ 99.52％.经Simplot软件分析未发现明显的基因重组.结论 云南省3株CV-A10分离株与近年中国大陆CV-A10流行株同属F基因型,但属于不同的2个分支,均无明显的重组事件发生.