柯萨奇病毒B组5型分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式分析

• 作者: 张首富 姚学君 卢正祥
• 来源期刊: 江苏预防医学
• 关键词: 柯萨奇病毒B组5型 基因组成 密码子使用
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Article
• 页码范围: 283-286
• 页数: 4页
• 分类号: R373.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13668/j.issn.1006-9070.2021.03.008

摘要

目的 探索柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus group B5,CVB5)分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式.方法 在GenBank核苷酸数据库检索CVB5毒株的VP1区全长序列,应用CodonW软件,计算CVB5分离株基因组成和密码子使用偏爱性参数,包括密码子和氨基酸含量、同义密码子各碱基含量、同义密码子第3位GC含量(GC3)、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用度(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU);通过ENC曲线、中性绘图、RSCU和奇偶规则(PR2)分析自然选择和突变对病毒的进化影响.结果 共纳入413株CVB5分离株,其VP1区碱基含量由高到低依次为A(29.78％)、C(24.84％)、G(24.16％)、T(21.22％);密码子第3位密码子含量均值分别为A3 (25.90％)、T3 (23.31％)、C3(26.31％)和G3 (24.49％);密码子含量前3位依次为GTG(4.67％)、ACA(3.73％)和CCA(3.70％),氨基酸含量前3位依次为Thr(11.25％)、Ser(8.11％)和Val(7.92％);共有59组密码子,其中29个同义密码子相对使用度(RSCU)均值＞1,占49.15％.CVB5毒株VP1区有效密码子数(ENC)值为(55.96±2.40),中性绘图分析显示,GC3和GC12含量有统计学关联,但相关性较弱(b=0.046,r=0.316,P＜0.001);PR2分析显示,自然选择对CVB5病毒密码子使用偏爱性作用为95.40％.结论 CVB5分离株总体密码子使用相似、偏爱性较弱,受到自然选择和突变双重影响,病毒进化相对保守.