利用生物信息学分析LMO2在乳腺癌中的表达和功能

• 作者: 张明慧 李彦姝
• 来源期刊: 中国医科大学学报
• 关键词: 乳腺癌 肿瘤的基因表达调控 LMO2
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 论著|Original article
• 页码范围: 390-397
• 页数: 8页
• 分类号: R737.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.12007/j.issn.0258-4646.2021.05.002

摘要

目的 探讨LMO2在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物学作用.方法 通过Oncomine数据库挖掘LMO2在多种肿瘤中的表达水平,并基于基因表达谱数据动态分析?(GEPIA)?及人类蛋白质表达图谱?(HPA)?数据库检索LMO2在乳腺癌组织与正常组织中的表达差异.采用KM?plotter数据库评估LMO2在乳腺癌中的预后价值.利用Coexpedia数据库构建LMO2在乳腺癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>3的共表达基因注释;通过GEPIA筛选出差异有统计学意义的关键基因,进一步分析LMO2与这些关键基因的相关性,并对这些基因进行京都基因与基因组百科全书?(KEGG)?富集.结果 乳腺癌组织中,LMO2?mRNA和蛋白表达较正常乳腺组织均明显下调?(P?<?0.05),LMO2低表达预示着乳腺癌患者更差的预后.LMO2的共表达基因主要有ADGRL4、GIMAP6、PECAM1、TGFBR2、MEF2C、CD93、S1PR1、LHFP、GMFG、A2M、LDB2、KCTD12、PTPRB和CAV1.其生物学功能主要富集于信号传导等方面.其中,表达显著上调的基因有CAV1,显著下调的基因有GIMAP6、TGFBR2、LHFP和PTPRB?(P?<?0.05).LMO2与GIMAP6?(r?=?0.51)?、TGFBR2?(r?=?0.46)?、LHFP?(r?=?0.52)?、PTPRB?(r?=?0.48)和CAV1?(r?=?0.43)?等关键基因的表达呈显著正相关.结论 LMO2在乳腺癌组织中呈低表达,LMO2与GIMAP6、TGFBR2、CAV1等关键基因共同参与了乳腺癌发生相关的功能与通路.