2009—2019年深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌基因组特征分析

• 作者: 胡鹏威 刘楚云 王银秋 何娇明 袁月明 袁梦 段永翔
• 来源期刊: 中华预防医学杂志
• 关键词: 李斯特菌 抗药性 多位点序列分型 毒力基因 遗传进化
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 774-779
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn112150-20200623-00915

摘要

目的:分析深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌（Lm）基因组遗传家系、耐药基因、毒力基因和进化关系的特征性基线信息。方法:对2009—2019年南山区食品中分离的46株Lm进行全基因组提取和二代测序（PE-150，100×），运用CLC Genomics Workbench 12.0软件组装、比对基因组及分析其管家基因、耐药基因、毒力基因和k-mer系统进化关系等特征。结果:46个Lm基因组组装后均满足分析条件（contigs N50>20 kb），平均GC含量为38.3%、预测基因数为5 960个、基因组大小为2 952 608 bp；南山区Lm全基因组k-mer系统发生树可见14簇，总体遗传距离较大，其遗传家系包括21株Lineage 1、23株Lineage 2和2株Lineage 3，Lineage 1以ST87为主，其余为ST3、ST59、ST224和ST429，Lineage 2以ST8和ST9为主，其余为ST121、ST155、ST199、ST204和ST321，Lineage 3只见ST299；发现本地区Lm携带fosX（17株）、tetM（6株）、dfrG（4株）、catB3（1株）和mefA（1株）5种耐药基因，均携带flaA、iap、actA、hly、mpl、prfA、plcA、plcB和inlB 九种毒力基因，同时有6株inlA与3株inlJ发生变异和2株inlC缺失。结论:深圳市南山区分离的食源性Lm呈现遗传进化多样性，携带耐药基因情况较为严重，特别是来源于生禽肉和金针菇的分离株，且功能明确的毒力基因丰富齐全。