球状轮藻叶绿体全基因组的组装与特征分析

• 作者: 方琰 胡莎莎 张冬群 吕婕 李锐 卿人韦 兰利琼
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 关键词: 球状轮藻 叶绿体基因组 简单重复序列 密码子偏好性 系统发育
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 生物学|Biology
• 页码范围: 175-184
• 页数: 10页
• 分类号: Q949.21
• 语种: 中文
• DOI: 10.19907/j.0490-6756.2021.046004

摘要

为揭示球状轮藻叶绿体全基因组的特征以及探究其在轮藻科内的系统发育关系,本研究基于高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行组装和序列分析.结果表明:球状轮藻叶绿体基因组全长180652 bp,GC含量26.6％,具有典型的四分体环状结构,与普生轮藻十分类似;球状轮藻叶绿体基因组共注释出137个基因,其中包括94个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和6个rRNA基因,比无色丽藻多2个蛋白质编码基因和3个tRNA基因,与高等植物相比具有rpl12、trnL(gag)、rpl19、ycf20四个特殊基因;球状轮藻叶绿体全基因组共检测出87个S S R位点且绝大部分由A和T构成;此外,球状轮藻共包含24989个密码子且密码子使用更偏好A和T,亮氨酸(Leu)是编码氨基酸最多的密码子;通过邻近法(NJ)对包括球状轮藻在内的5个种的叶绿体全基因组构建系统发育树显示,球状轮藻的亲缘关系与普生轮藻更为接近.本研究对球状轮藻叶绿体全基因组进行了解析,利用现有数据确立其系统发育学地位.