基于基因共表达权重网络分析骨质疏松相关的关键LncRNA

• 作者: 黎永华 谭仁霆 黄世福 邱金龙
• 来源期刊: 中国骨质疏松杂志
• 关键词: 基因共表达 WGCNA LncRNA 骨质疏松 靶基因
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 556-562
• 页数: 7页
• 分类号: R34|R589.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-7108.2021.04.016

摘要

目的 通过基因共表达权重网络分析(WGCNA)探讨LncRNA与骨质疏松的关系.方法 收集GEO数据库中GSE56815芯片的80个样本,通过重注释获得了127 LncRNA,用WGCNA对表达数据进行样本聚类分析,并与骨质疏松进行相关性分析.寻找相关性最高的模块的靶基因并绘制网络关系图,随后进行GO和KEGG富集分析.结果 共检测到9个LncRNA模块,关键模块为turquoise模块包含29个靶基因,并获得204个靶向基因,绘制网络关系图后获得枢纽LncRNA为ACVR2B-AS1、LINC01278、SND1-IT1、C22orf24、ZNF213-AS1、WT1-AS、PLAC4、RHPN1-AS1和LINC01140.GO功能主要集中在细胞间信息传递上;细胞功能集中在细胞核、细胞膜和线粒体中,涉及成骨细胞分化的调控.KEGG主要富集于GnRH、Notch、神经营养和钙离子信号通路上.结论 利用WGCNA方法,获得与骨质疏松性状相关模块,鉴定有生物学意义的基因模块,获得了核心LncRNA,并通过寻找潜在的靶基因,进行了富集分析.这些结果为LncRNA在骨质疏松症病理生理机制的研究中提供新的见解.