黄草乌实时荧光定量PCR内参基因的筛选

• 作者: 曾礼芳 李国栋 王宝婕 王一博 程景平 曹小青 管丽娜 朱灵英 钱子刚 马晓惠
• 来源期刊: 中国中药杂志
• 关键词: 黄草乌 内参基因 实时荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 分子生药学
• 页码范围: 3116-3122
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.19540/j.cnki.cjcmm.20210320.103

摘要

筛选合适的内参基因是应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析基因表达的前提.为黄草乌Aconitum vilmori-nianum中基因表达分析研究提供可靠的内参基因,基于黄草乌转录组数据,筛选出19个候选内参基因(ACT1、ACTT2、ACT3、aTUB1、aTUB2、bTUB、18S rRNA、UBQ、eIF2、eIF3、eIF4、eIF5、CYP、GAPDH1、GAPDH2、PP2A1、PP2A2、ACP、EF1α),用 qRT-PCR技术检测各候选内参基因在黄草乌根、茎、叶和花4个器官中的表达情况,Ct值分析结果表明,18S rRNA在各器官中表达丰度过高,GAPDH2的波动范围较大,二者均不宜作为黄草乌的内参基因.对其他候选基因的表达稳定性进行分析,geNorm和NormFinder分析结果基本一致,稳定性排名前三的内参基因均为PP2A1、EF1α和CYP,BestKeeper分析结果表明,稳定性排名前三的内参基因为EF1α、ACT3和PP2A1.不同软件分析得出的候选内参基因表达稳定性排名存在差异,因此,采用几何平均值法综合分析黄草乌各候选内参基因的表达稳定性,结果表明,PP2A1、EF1α和ACT3的稳定性最佳.基于geNorm、NormFin-der,BestKeeper和几何平均值法综合分析结果,PP2A1和EF1α在黄草乌不同器官中的表达最稳定,是黄草乌不同器官基因表达分析的最佳内参基因.