基于生物信息学方法筛选散发性克雅氏病神经炎症相关关键基因

• 作者: 程雅静 刘莹 王菲
• 来源期刊: 天津医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 散发性克雅氏病 神经炎症 生物信息学 关键基因
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 生物信息学专题
• 页码范围: 1-7
• 页数: 7页
• 分类号: R742.8+9
• 语种: 中文

摘要

目的:鉴定散发性克雅氏病(SCJD)神经炎症相关的关键基因.方法:用GEO2R工具筛选GSE160208数据集中的SCJD脑组织(n=27)和正常脑组织(n=20)的差异表达基因(DEGs).用R语言的"cluster Profiler"和"DOSE"包对DEGs进行富集分析.通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键基因.用GSE124571数据集验证关键基因的表达,绘制关键基因的受试者工作特征(ROC)曲线鉴定hub genes.结果:本研究有127个DEGs,富集分析结果提示DEGs与吞噬体、核因子-κB信号通路和B细胞受体信号通路等有关.经过PPI网络的构建、hub基因RNA表达的验证和ROC曲线的绘制,最终TLR2、C1QA、ITGAM、C3AR1在SCJD中表达升高(t=2.12、3.197、3.107、3.284,均P<0.05),对SCJD有较高的诊断效能(曲线下面积>0.9),被筛选为SCJD hub基因.结论:TLR2、C1QA、ITGAM、C3AR1在SCJD中有关键作用,可以作为SCJD发展过程中神经炎症相关的hub基因.