藜麦ZF-HD转录因子的全基因组鉴定及其对盐胁迫的响应分析

• 作者: 时丕彪 王德领 蒋润枝 李斌 晏军 方迪 闫凯旋 顾闽峰
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 藜麦 锌指同源异型结构域(ZF-HD) 全基因组 盐胁迫 基因表达
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·生理生化|CROP GENETICS AND BREEDING·PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY
• 页码范围: 304-312
• 页数: 9页
• 分类号: S512.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2022.02.003

摘要

以藜麦的高质量基因组为参考,对藜麦锌指同源异型结构域(ZF-HD)转录因子基因CqZF-HD进行全基因组鉴定,并利用生物信息学方法对其编码的蛋白质理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守结构域以及基因结构、系统进化关系进行了分析.同时,利用前期转录组测序结果分析了CqZF-HD家族基因在盐胁迫下的表达模式.结果表明,在藜麦中共鉴定出21个ZF-HD转录因子,大部分定位在细胞质,二级结构以无规则卷曲为主,氨基酸序列长度68～284 aa,相对分子质量7.54×103～30.20×103,理论等电点6.01～9.54;每个ZF-HD蛋白都含有ZF或HD保守结构域,系统进化树将其划分为5个亚家族.盐处理下表达分析结果显示,11个CqZF-HD基因响应藜麦盐胁迫,其中8个基因呈上调表达,3个基因呈下调表达,说明ZF-HD家族基因在参与藜麦盐胁迫中发挥着不同的作用.