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基于高通量测序的羊踯躅叶绿体基因组及SSR序列分析
基于高通量测序的羊踯躅叶绿体基因组及SSR序列分析
作者:
吴林世
廖菊阳
刘艳
李巧云
王玲
张娟
宋胤
胡俊东
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
羊踯躅
叶绿体基因组
RSCU
SSR
摘要:
[目的]为羊踯躅新优园艺品种的鉴定及不同地理分布的羊踯躅亲缘关系分析提供参考.[方法]以羊踯躅叶片为试验材料,通过高通量测序得到其叶绿体基因组序列,并对叶绿体基因组结构区和功能区域进行注释,分析密码子的偏好性及简单重复序列.[结果]羊踯躅叶绿体基因组序列属于典型的四段式结构,全长为197877 bp.其中大单拷贝区长度为110189 bp,小单拷贝区长度为26 bp,2个反向重复区(IRa区和IRb区)长度均为43831 bp,GC含量为36.00%.羊踯躅叶绿体基因组共注释到146个基因,分别是92个蛋白编码基因、8个rRNA基因和46个tRNA基因.基因功能主要包括光合作用、自我复制、其他功能以及未知功能4个大类,光合作用功能中光系统Ⅱ的亚基的相关基因数目最多,自我复制功能中tRNA基因数目最多.羊踯躅叶绿体基因中,32个密码子的相对使用度大于1,倾向于以A和U结尾.在羊踯躅叶绿体基因组的简单重复序列中,A/T和AT/AT占位点总数量的64.71%,羊踯躅叶绿体基因组富含AT.通过系统发育分析得出,羊踯躅是羊踯躅亚属的唯一物种,其与常绿杜鹃亚属的亲缘关系较近.[结论]在通过叶绿体基因序列构建得到的系统进化树中,杜鹃花科不同属、杜鹃属不同组的物种被区分开来;根据叶绿体基因组的序列,可以定位其在系统发育进化树中的位置,分析与其亲缘关系较近的杜鹃种.
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文献信息
篇名
基于高通量测序的羊踯躅叶绿体基因组及SSR序列分析
来源期刊
经济林研究
学科
农学
关键词
羊踯躅
叶绿体基因组
RSCU
SSR
年,卷(期)
2022,(1)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
123-131
页数
9页
分类号
S685.21
字数
语种
中文
DOI
10.14067/j.cnki.1003-8981.2022.01.014
五维指标
传播情况
被引次数趋势
(/次)
(/年)
引文网络
引文网络
二级参考文献
(0)
共引文献
(0)
参考文献
(0)
节点文献
引证文献
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同被引文献
(0)
二级引证文献
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2022(0)
参考文献(0)
二级参考文献(0)
引证文献(0)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
羊踯躅
叶绿体基因组
RSCU
SSR
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
经济林研究
主办单位:
中南林业科技大学
出版周期:
季刊
ISSN:
1003-8981
CN:
43-1117/S
开本:
16开
出版地:
湖南省长沙市韶山南路498号中南林业科技大学期刊社
邮发代号:
创刊时间:
1983
语种:
chi
出版文献量(篇)
2583
总下载数(次)
5
总被引数(次)
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