高通量测序平台测定混合病毒样品基因组序列

• 作者: 严延生 何文祥 吴冰珊 张拥军 翁育伟 谢剑锋 郑奎城 陈炜
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 高通量测序 肠道病毒71型 流感病毒 基因组
• 年，卷（期）: 2014,（9）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 884-888
• 页数: 5页
• 分类号: R373.9
• 字数: 474字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2014.09.002

摘要

目的 建立RNA病毒基因组的从头测序方法,验证高通量测序平台同时测定不同RNA病毒基因组序列的能力.方法 选取日常监测工作中分离的一株EV71毒株和一株季节性流感病毒,提取病毒RNA,制备测序文库,按标准步骤在GS Junior完成测序反应,分析数据.结果 共得到超过14万序列片段,总计46.9M碱基,平均读长334 bp.初步拼接可以得到914个片段(contig),而以相应参考毒株基因组为标准,一次反应得到EV71全长基因组的99.84％及流感病毒的96.7％.结论 高通量测序仪能够同时快速、准确地从头测定多株RNA病毒基因组序列,适合应用于多个病原生物学领域.