铅黄肠球菌CMCC(B)32220的鉴定和全基因组分析

• 作者: 石继春 陈驰 梁丽 杜宗利 龙新星 郑锐 孙文媛 徐颖华 叶强
• 来源期刊: 临床检验杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 铅黄肠球菌 平均核苷酸一致性 全基因组序列 标准菌株
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 临床实验研究
• 页码范围: 116-119
• 页数: 4页
• 分类号: R446.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13602/j.cnki.jcls.2022.02.08

摘要

目的 应用多种方法对CMCC(B)32220鉴定和分析,了解其全基因组的分子特征.方法 将待鉴定菌株CMCC(B)32220复苏培养后,依次进行形态学、全自动生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析、16S rRNA基因以及全基因序列测定,应用生物信息学方法分析其基因组基本特征,并预测基因功能、耐药性及致病性.结果 经全自动生化和MALDI-TOF-MS鉴定分析菌株CMCC(B)32220均为铅黄肠球菌.CMCC(B)32220菌株与NCBI数据库中已发表2株代表性铅黄肠球菌16S rRNA基因序列相似度分别为99.4％和98.9％,而与不同肠球菌16S rRNA基因序列相似度为94.8％～98.7％.CMCC(B)32220染色体全基因组序列全长为3195952 bp,包含3054个基因,其中具有直系同源簇(COG)功能2453个,参与KEGG代谢通路1622个.而基于全基因组水平的平均核苷酸一致性(ANI)分析证实CMCC(B)32220菌株与已发表的铅黄肠球菌的ANI值为95.1％,而与其他3株肠球菌属不同种(屎肠球菌、鸡肠球菌和粪肠球菌)代表性菌株基因组的ANI值均小于80％.预测蛋白质同源性分析表明其基因组中编码2772个(占93.7％)铅黄肠球菌特异性蛋白质.其基因组仅含2种耐药基因,并存在5种对人潜在致病性相关蛋白质.结论 应用多种不同原理方法成功系统鉴定CMCC(B)32220符合铅黄肠球菌特征,并获得其全基因组的基本特征资料,为细菌标准菌株提供更多背景数据.