生物信息学预测橘皮素治疗结直肠癌核心基因

• 作者: 宋子健 李建伟 胡和智
• 来源期刊: 安徽医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 结直肠癌 橘皮素 生物信息学 核心基因
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 229-234
• 页数: 6页
• 分类号: R574.62
• 语种: 中文
• DOI: 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2022.02.013

摘要

目的 通过生物信息学分析筛选橘皮素治疗结直肠癌(CRC)的mRNA核心基因并利用生存分析方法验证mR-NA核心基因对CRC的预测效果.方法 使用DMSO溶剂和橘皮素处理CRC的HCT116细胞48 h后进行RNA测序.将测序结果进行预处理和差异表达分析.从差异表达基因中筛选lncRNA关键基因,建立相应的lncRNA-miRNA-mR-NA调控网络,得到mRNA关键基因.通过基因本体论(GO)分析、京都基因组百科全书(KEGG)通路分析和蛋白质互作网络(PPI)分析,得到mRNA核心基因,并利用生存分析方法对mRNA核心基因进行验证.结果 差异表达分析后筛选出197个lncRNA差异表达基因、128个miRNA差异表达基因和1938个mRNA差异表达基因.利用lncRNA-miRNA-mRNA调控网络筛选得到5个lncRNA关键基因和117个mRNA关键基因.关键基因的GO分析和KEGG通路分析结果表明它们富集在与CRC密切相关的功能和通路上,通过PPI网络分析得到6个mRNA核心基因,采用生存分析方法验证发现其中有3个mRNA核心基因(FOS、CC-ND2、MXD1)与CRC密切相关.结论 通过生物信息学方法分析橘皮素治疗CRC的分子机制,筛选出3个差异表达非常显著且对患者预后影响明显的基因,为CRC的诊断、治疗和预后治疗提供了新思路.