基于转录组的蔗茅CML基因家族鉴定及冷胁迫表达分析

• 作者: 钱禛锋 谷书杰 赵雪婷 饶席兵 曾丹 沈庆庆 张蓉琼 陈疏影 何丽莲 李富生
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蔗茅 类钙调蛋白(CML)家族 生物信息学分析 冷胁迫 表达分析
• 年，卷（期）: 2022,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告|Articles and Letters
• 页码范围: 885-895
• 页数: 11页
• 分类号: S332.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2022.05.006

摘要

类钙调蛋白(calmodulin-like protein,CML)是植物细胞中的钙离子结合蛋白,在植物生长发育和逆境胁迫的信号转导中具有重要的功能.为探究冷胁迫下蔗茅(Erianthus fulvus)CML家族基因的表达模式,本研究基于转录组数据在蔗茅中鉴定出39个EfCML家族基因,并进行了生物信息学和冷胁迫下的表达分析.蛋白质理化性质分析表明,蔗茅EfCMLs氨基酸残基数目为59～312,分子量大小为6.24021～34.01778 kD,等电点为3.99～11.14.亚细胞定位预测结果显示,39个EfCMLs分别定位于细胞质、细胞膜和细胞核中.保守结构域分析发现,EfCML家族蛋白含有1～4个典型的EF-hand结构域.基序(motif)分析表明,EfCML家族蛋白含有1～4个典型的Ca2+结合基序.进化树分析表明,EfCMLs蛋白分为11个组群.冷胁迫表达分析表明,低温诱导EfCML家族基因差异表达,其中EfCML1和EfCML2基因表达持续上调,在72 h冷胁迫下达到峰值,分别为对照的27和35倍(P<0.01),呈现最活跃状态.本研究为深入解析蔗茅CML基因的冷胁迫调控机理提供基础资料.