两种植物病原黄单胞菌基因组中同义密码子使用的分析

• 作者: 钱韦
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 野油菜黄单胞菌野油菜致病变种 地毯草黄单胞菌柑桔致病变种 基因组 密码子使用偏倚 GC含量 水平基因转移
• 年，卷（期）: 2004,（2）
• 所属期刊栏目: 专题评述
• 页码范围: 97-106
• 页数: 10页
• 分类号: Q754
• 字数: 7704字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0412-0914.2004.02.001

摘要

根据已释放的基因组序列,对野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(Xanthomonas campestris pv.campestris,Xcc)和地毯草黄单胞菌柑桔致病变种(X.axonopodis pv.citri,Xac)的密码子使用进行了分析.相对同义密码子使用值(relative synonymous codon usage,RSCU)的计算表明,它们具有高度相似的密码子使用模式.2个基因组密码子第3位的GC含量(GC3s)平均达0.806±0.077(Xcc)和0.791±0.075(Xac),倾向于使用GC含量较高的密码子.对有效密码子数量和密码子适应指数的分析表明,Xcc与Xac基因组中,高表达基因具有较高的GC含量,倾向于使用少数种类的密码子,而低表达基因具有较高的AT含量,倾向于随机地使用密码子.对密码子使用绝对次数进行的对应分析也证明了上述结论.同时,计算也证明了基因在基因组中的位置不影响密码子使用的模式.因此,基因组的GC含量、基因的表达水平和基因的种类与起源是影响这2个基因组密码子使用的主要因素.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	钱韦	中国科学院微生物研究所	14	328	6.0	14.0