用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系

• 作者: 曹永生 汤继凤 贾继增 高丽锋
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: cSSR EST-SSR 精确cSSR 复合型cSSR 遗传图谱 小麦
• 年，卷（期）: 2004,（3）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源
• 页码范围: 328-332
• 页数: 5页
• 分类号: S3
• 字数: 3951字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0578-1752.2004.03.003

摘要

存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究.Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源.生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具.笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Prime r 3和DNAstar,以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap.根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了程序SSRFinder.利用该程序不但可以从大量的EST序列中发掘cSSR标记,还能比较准确地进行统计和分析.JgeneMa p完善了GeneMa p的图形显示功能,增加了图片保存及调整图片大小和字体类型、大小的功能,具有友好的用户图形界面.用此体系已从小麦的3 7 2 7 0条EST中挖掘了1 2 2 8个精确cSSR(perfect cSSR)和8 7 5个复合型cSSR(compound cSSR);根据1 228个精确cSSR标记序列成功设计了5 9 7对引物,其中4 7 8对为有效扩增引物,在小麦遗传图谱上已经定位了6 6个标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	贾继增	中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室	60	3975	33.0	60.0
2	曹永生	中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室	54	1340	17.0	36.0
3	高丽锋	中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室	6	301	6.0	6.0
4	汤继凤	中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室	2	45	2.0	2.0