基因组水平上水稻受体激酶基因家族的生物信息学分析

• 作者: 孙学辉 贾士荣 路铁刚 黄大昉
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 水稻:生物信息学 受体激酶 基因家族 E S T
• 年，卷（期）: 2004,（3）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源
• 页码范围: 322-327
• 页数: 6页
• 字数: 5133字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0578-1752.2004.03.002

摘要

对已完成全序列分析的籼稻(北京基因组信息中心,B GI)和接近完成全序列分析的粳稻(国际水稻基因组测序计划,IRGSP)的蛋白质数据库进行两步HMM(hidden ma rkov model)模式匹配搜寻,在基因组水平上分别获得籼稻和粳稻受体激酶5个基因家族的成员序列共6 4 3和7 01个,对粳稻受体激酶进行了详细的生物信息学分析.对粳稻和籼稻的同源比较分析表明,受体激酶基因存在非常强的保守性,但不同基因在基因组水平上可能存在不同水平的扩增.对Swissprot数据库的同源分析表明,这些基因是植物特有的受体激酶.搜索酵母已知蛋白质数据库没有发现相似的基因.搜索粳稻EST数据库,发现约30%的基因可以找到支持其表达的EST证据.对粳稻受体激酶各亚家族成员进行了多序列联配和家族分类分析,该家族可分为2 2 9个簇,整个基因家族的冗余度较高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄大昉	中国农业科学院生物技术研究所	96	1673	22.0	38.0
2	贾士荣	中国农业科学院生物技术研究所	46	1529	21.0	38.0
3	路铁刚	中国农业科学院生物技术研究所	17	301	9.0	17.0
4	孙学辉	中国农业科学院生物技术研究所	5	87	5.0	5.0