一个新的人突触相关蛋白基因的生物信息学分析

• 作者: 刘俊文 唐蔚青 李红霞 杨向东 王仁 王抒
• 来源期刊: 中国动脉硬化杂志
• 关键词: 病理学与病理生理学 人突触相关蛋白基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2004,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文摘要
• 页码范围: 42
• 页数: 1页
• 字数: 1130字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-3949.2004.01.036

摘要

目的运用抑制消减杂交(SSH)已从氧化型低密度脂蛋白处理的单核细胞源性泡沫化细胞中克隆差异表达基因,其中两个基因片段FRG4和FRG14经BLAST检索无同源序列,Genbank登录号为:FRG4[A BI 502586]和FRG14[Accession BI 502587].通过基于文库cDNA基础热启动PCR快速扩增cDNA末端技术,获得FRG4全长cDNA序列.有关该基因编码蛋白的研究很少,与脂蛋白代谢和泡沫细胞形成、凋亡的关系没有报道.本文利用生物信息学技术对此进行研究,为进一步深入研究其表达和功能奠定基础.方法与结果利用生物信息学软件通过互联网上核酸和蛋白质数据库.对泡沫化相关基因FRG4进行基因组分析、染色体定位分析、理化特性分析、细胞内定位分析和功能结构域预测.发现FRG4的开放阅读框(ORF)是从第62个碱基到第1120个碱基,编码352个氨基酸:FRG4编码的氨基酸序列与人类的突触相关蛋白(Homo sapiens synapse associated protein 1, SYAP1)有高度同源性(99%);FRG4的染色体定位分析显示定位在X染色体的短臂2区2带2亚带2次亚带;根据内含子、外显子剪切规律分析,FRG4基因由9个外显子、8个内含子组成;人FRG4蛋白质氨基酸序序列与小鼠、果蝇的氨基酸序列进行多序列同源性比较,一致率分别为70%和58%,预测FRG4蛋白的结构域,显示该蛋白序列中有一结构域BSD,包含一特异性模序(FW-motif),它是真核转录因子家族的成员;利用BIOEDIT软件对FRG4蛋白的亲疏水性分析,结果显示FRG4无疏水性区,可能为一水溶性蛋白;利用ExPASy软件分析该蛋白分子质量为40 kDa,等电点(pI)为4.45,为一略酸性蛋白;利用PsortⅡ软件分析该蛋白的亚细胞定位,结果显示该蛋白定位于细胞质的可能性较大(52.2%:cytoplasmic).结论泡沫化细胞差异表达基因FRG4经生物信息学分析,与人突触相关蛋白基因有很高同源性,它编码的蛋白可能为一水溶性蛋白,分子质量为40 kDa,定位于细胞质,属于真核转录因子家庭.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李红霞	卫生部北京医院老年医学研究所生物化学室	19	144	6.0	11.0
2	王抒	卫生部北京医院老年医学研究所生物化学室	58	836	15.0	27.0
3	杨向东	南华大学心血管病研究所	44	222	8.0	12.0
4	王仁	南华大学心血管病研究所	19	59	4.0	6.0
5	唐蔚青	卫生部北京医院老年医学研究所生物化学室	12	62	3.0	7.0
6	刘俊文	南华大学心血管病研究所	13	51	4.0	6.0