中国明对虾基因组小卫星重复序列分析

• 作者: 孔杰 高焕
• 来源期刊: 动物学报
• 关键词: 中国明对虾 小卫星 重复序列 基因组
• 年，卷（期）: 2005,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 101-107
• 页数: 7页
• 字数: 6605字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-5507.2005.01.015

摘要

通过对中国明对虾基因组随机DNA片断的测序,我们获得了总长度约641 000个碱基的基因组DNA序列,从中共找到1 720个重复序列.其中,小卫星序列的数目为398个,占重复序列总数目的23.14%.这些小卫星序列的重复单位长度为7-165个碱基,集中分布于7-21个碱基范围内,其中以重复单位长度为12个碱基的重复序列数目最多,为58个,占小卫星重复序列总数目的14.57%.不同拷贝数目所对应的重复序列的数目情况为:拷贝数目为2的重复单位所组成的重复序列数目最多,为137个;其次是拷贝数目为3的重复序列,为122个,且随着拷贝数目的增加,由其所组成的重复序列的数目呈递减的趋势.其中一部分序列见GeneBank数据库,登录号为AY699072-AY699076.398个重复序列分别由398种重复单位所组成,因而小卫星重复序列的类型很多,我们初步分成三类:两种碱基组成类别、三种碱基组成类别和四种碱基组成类别,并进一步根据各个重复序列中所含有的碱基种类的数量从大到小排列这些碱基而分成若干小类.从这些分类中可以看出,中国明对虾基因组中的小卫星整体上是富含A+T的重复序列,并具有一定的"等级制度",揭示了其与微卫星重复序列之间的关系,即一部分小卫星重复序列可能起源于微卫星序列[动物学报 51(1):101-107,2005].

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孔杰	中国水产科学研究院黄海水产研究所	89	2666	34.0	49.0
2	高焕	中国水产科学研究院黄海水产研究所	6	175	4.0	6.0