中国明对虾肝胰腺细小病毒全基因组的克隆及序列分析

• 作者: 张峥 成君军 王明森 高强 黄倢
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 肝胰腺细小病毒(HPV) 中国明对虾 基因组序列
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 59-65
• 分类号: S94
• 字数: 5148字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2011.00059

摘要

中国明对虾肝胰腺细小病毒是一种单链、线性DNA病毒.本研究利用DNA末端加尾和嵌套PCR首次完成了对虾肝胰腺细小病毒(hepatopancreatic parvovirus,HPV)中国分离株(HPV-Pc)全基因组序列的测定,研究结果表明,HPV-Pc株(GenBank登录号GU371276)的全基因组由6085个核苷酸组成,包含3个开放阅读框(ORF)(分别代表ns1、ns2和cp基因)和2个非编码区.ORF1、ORF2和ORF3分别编码由427、578和821个氨基酸组成的蛋白,分子量分别为50.4 kD、68.2 kD和92 kD.分析HPV-Pc基因组结构,发现该基因组没有末端反向重复序列(ITR),cp基因编码的CP区有HPV特异的"GAA"正向重复序列,及富含甘氨酸的上游和下游不同位置存在精氯酸残基,可造成蛋白裂解.不同地区、不同对虾HPV基因组有较大差异,HPV-Pc株基因组与其他已知HPV序列同源性在78%～91%之间,差异遍布整个序列中.将HPV-Pc各基因片段与已报道的其他地区HPV相应序列进行比较,结果表明,HPV-Pc各基因片段与AY008257(韩国株)同源性最高.与已知HPV代表株的NS2、NS1和CP蛋白氨基酸序列同源性比较也显示,HPV-Pc株与韩国株同源性最高.这些特征表明HPV-Pc属于细小病毒科的一个新分离株.