霍乱弧菌噬菌体VP2基因组序列的测定与分析

• 作者: 刘中华 刘延清 李燕萍 汪敏 王多春 祁国明 董辉 金维荣 阚飙 高守一
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 霍乱弧菌 噬菌体 鸟枪法 基因组
• 年，卷（期）: 2005,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 60-64
• 页数: 5页
• 分类号: Q933
• 字数: 3896字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-8721.2005.01.012

摘要

测定并分析了霍乱弧菌噬菌体VP2基因组序列,为VP2生物学特性和功能研究提供分子遗传学基础.为此构建了VP2DNA随机文库,鸟枪法(shot-gun)测定其全基因组序列.测序结果用软件Phrad-Prap拼接成最小重叠群(contig),引物步移法测定contigs间的缝隙(gap)序列,拼接后获得VP2全基因组序列.利用生物信息学技术分析VP2基因组,最后对VP2和相关噬菌体做DNA聚合酶(DNA pol)基因的进化树分析.结果:VP2属短尾噬菌体科,基因组全长39 853bp,为环状双链DNA,G+C含量为50.56%,较高于霍乱弧菌测序菌株N16961基因组G+C含量;VP2的基因组有碱基使用偏性;预测和注释了45个开放读码框(ORF),分析了DNA复制基因、衣壳蛋白和DNA包装基因、侵染相关基因.DNA pol进化树比较结果,VP2与链球菌噬菌体Cp-1和芽孢杆菌噬菌体GA-1分为一群.根据对VP2基因组序列的测定和分析预测了VP2的ORF,并分析了其中的功能基因,推测VP2在进化关系上属于噬菌体phi29样噬菌体.