广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

• 作者: 余克伦 刘芳 吴显实 廖素环 温荣辉 秦爱珍 罗廷荣 陆芹章 黄伟坚
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪瘟病毒 基因组 序列分析 GXWZ02株
• 年，卷（期）: 2005,（2）
• 所属期刊栏目: 预防兽医学
• 页码范围: 125-128
• 页数: 4页
• 分类号: S852.651
• 字数: 3078字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-4545.2005.02.005

摘要

参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列,设计并合成11对引物,应用RT-PCR技术,成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组.将这11个基因片段克隆,并测定了其核苷酸序列.应用计算机生物软件Vector NTI将11个基因片段进行拼接,确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12 296个核苷酸(GenBank收录号AY367767).将GXWZ02株与国内外已发表的Shimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Paderborn、CS、ALD、GPE-、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,核苷酸同源性分别为85.4%、84.6%、88.7%、85.7%、85.7%、85.3%、85.6%、95.3%、85.7%、85.7%85.4%、83.4%、84.3%,推定的氨基酸同源性分别为92.6%、91.7%、94.2%、93.1%、92.9%、92.3%、93.0%、97.7%、92.6%、93.0%、92.6%、90.5%、90.6%.GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异,表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化.系统发育树分析,所比较的14株CSFV被分为2个群:GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群1,其余的11个毒株被归为群Ⅱ,GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近.将GXWZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较,结果显示,基因Ems、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大,而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守.