广州检出星状病毒4型的全基因组序列测定及分析

• 作者: 吴灶和 周荣 朱冰 李潇 林涛 钟家禹 陈翊 龚四堂
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 星状病毒 基因组 4型基因型 序列分析
• 年，卷（期）: 2006,（10）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 926-928
• 页数: 3页
• 分类号: R3
• 字数: 2108字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j:issn:0254-5101.2006.10.016

摘要

目的 探讨广州地区儿童感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法 参考GenBank上的星状病毒基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增星状病毒基因组,克隆于T载体上,序列测定,用Clustal W和DNAStar软件分析基因组序列.结果 星状病毒HASTVgz01全基因组为6721 bp,提交到GenBank上的序列号为DQ344027,其中5'端非编码区(5'UTR)长82bp,3'端非编码区末端长81 bp,病毒基因组编码区全长6558个核苷酸,分别编码ORF1a、ORF1b、ORF2,ORF1a基因长2763 bp(83～2845 nt),ORF1b基因长1557bp(2785～4332 nt),其中ORF1a、ORF1b两基因有71个核苷酸的重叠区;ORF2全长2316 nt,位于基因组中4325～6640 nt.ASTVgz01与GenBank中8种基因型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列同源性比较发现,HASTVgz01与4型的同源性为93%,其他的同源性在61%～70%之间.结论 广州地区儿童腹泻感染的星状病毒HASTVgz01全基因组为6721bp,GenBank序列号为DQ344027,HASTVgz01与4型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列比较同源性为最高,确认HASTVgz01是4型星状病毒.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱冰		34	359	8.0	18.0
2	龚四堂		39	401	13.0	17.0
3	李潇	中国科学院南海海洋研究所	23	130	7.0	10.0
4	陈翊		8	42	3.0	6.0
5	钟家禹		10	54	4.0	7.0
6	林涛		4	40	4.0	4.0
7	周荣	中国科学院南海海洋研究所	8	50	5.0	7.0
8	吴灶和	中国科学院南海海洋研究所	9	255	5.0	9.0